計算速度の特に速いコンピュータ。汎用コンピュータが事務・技術計算の両方で使われるのに対し，複雑な科学技術計算を超高速で行うことを主たる目的にしている。メーカーによって，厳密な定義はばらばらである。日米構造協議（SII）では，100 Mflops（浮動小数点演算を１秒間に行う速度の単位，100 Mflopsは毎秒100万回の100倍回）以上のコンピュータを特にスーパーコンピュータとして取り扱っている。

最初はミサイルの弾道計算等を主として軍事目的に利用されたが，時とともに分子構造の解析，航空機や自動車の衝突シミュレーション，原子炉の強度計算，CAD/CAM，アニメーション製作等，様々な分野で利用されるようになり，研究開発の時間短縮，コスト削減に貢献している。この流れに沿って，演算速度も急速に上昇。日本電気（NEC）は1989年７月，22 Gflops（１ギガは10億）に達する「SX-3」を発表，これが現在世界で最高速のスーパーコンピュータとされている。こうした技術の急速な進歩で，最近ではスーパーミニコンピュータでも1 Mflopsに達する機種も現れている。このため「100 Mflops以上」という定義もそのうちに見直されそうである。スーパーコンピュータをつくっているのは，世界でクレイ・リサーチ（米国），NEC，日立製作所，富士通の４社であるが，クレイ・リサーチが世界市場の約80％を抑えて圧倒シェアを誇っている。日本市場では国内３社が強く，クレイ・リサーチのシェアは15％程度，このため，米国は日本市場の閉鎖性に対し，包括通商法スーパー301条（不公正貿易国・行為の特定・制裁）を発動，摩擦問題を引き起こしている。日本では大学，研究所を中心に現在約120台が稼働しているが，その能力からさらに拡大するものとみられている。