エンジン式コージェネレーションシステム（CGS）の課題である騒音，振動および排気ガスの問題解決が期待されるのが燃料電池式CGSである。現在開発中のシステムはリン酸燃料電池式CGSで，通信ビルにおいて通信用電源および通信空調システムとして利用するため，直流連系技術（自家用発電設備の直流電気出力と商用電力系統の整流出力とを並列に負荷分担して給電する技術。これにより自家用発電設備の定格一定運転が可能となり高効率で高信頼なシステムを実現できる）や新しい廃熱利用空調技術等の一般のCGSとは異なる技術が適用される予定であり，このような意味で「燃料電池トータルエネルギーシステム」とも呼ばれる。